O Prelado integra o mosaico da Juréia e protege ambientes de restinga no litoral de Iguape. A Praia da Juréia e a Cachoeira do Prelado, também chamada Pocinho, estão entre os atrativos descritos.
O Nascentes do Paranapanema conserva uma área com centenas de nascentes em Capão Bonito. A unidade integra o grande conjunto de florestas protegidas da Serra de Paranapiacaba.
Em Teodoro Sampaio, o Morro do Diabo protege um dos grandes remanescentes de floresta estacional do estado. O mico-leão-preto é uma das espécies associadas à importância dessa área.
O Lagamar de Cananeia integra o Mosaico do Jacupiranga e conserva uma extensa área de Mata Atlântica. A unidade está em uma região importante para a vida estuarina e para espécies ameaçadas.
Entre Ibiúna e Piedade, o Jurupará protege uma área de transição de formações florestais. Represas e antigas usinas hidrelétricas são elementos marcantes da paisagem e dos limites da unidade.
A Cachoeira do Paraíso é o principal atrativo descrito no Núcleo Itinguçu. O acesso ao núcleo ocorre pela região de Peruíbe, embora o território apresentado na descrição fique em Iguape.
O Núcleo Arpoador concentra roteiros associados ao rio Guaraú, a praias e aos ecossistemas costeiros da Juréia. Manguezal, mata de encosta e costões ajudam a explicar o interesse para estudos do meio.
O Itinguçu faz parte do Mosaico de Unidades de Conservação Juréia-Itatins. Seus núcleos reúnem praias, estuário, mata de encosta e rios entre Peruíbe e Iguape.
A Ilha Anchieta combina praias, costões e Mata Atlântica com o patrimônio de um antigo presídio. O parque protege a ilha e organiza atividades de visitação, pesquisa e educação ambiental.
No Vale do Ribeira, o Núcleo Sete Barras apresenta outra entrada para o Carlos Botelho. Rios, mata e caminhos voltados ao ecoturismo e à pesquisa caracterizam esse setor.
O Núcleo São Miguel Arcanjo abriga a sede do Carlos Botelho, na região do Alto Paranapanema. A floresta de altitude reúne espécies de fauna e flora próprias desse ambiente da Mata Atlântica.
O Carlos Botelho protege florestas da Serra de Paranapiacaba, entre o Alto Paranapanema e o Vale do Ribeira. A paisagem muda entre os núcleos de São Miguel Arcanjo e Sete Barras.